Auf der Kommandobrücke der Hyperion kann Raynor neue Aufträge für sich und seine Mannschaft aussuchen. Zudem kann man anhand des Missionsarchivs auch bereits erledigte Missionen erneut spielen. Es folgt nun eine Liste der möglichen Missionen, die man spielen kann, geordnet nach den unterschiedlichen Auftraggebern und der Spielreihenfolge.
Jim Raynor, welcher sich zusammen mit Tychus Findlay auf Mar Sara aufhält, muss zu Beginn der Kampagne seinen Weg zurück zu seinem Schiff freikämpfen. Diese drei Missionen sind obligatorisch.
Nach der Flucht von Mar Sara kann Jim die Forscherin Dr. Ariel Hanson bei der Rettung ihres Volkes unterstützen. Die Missionen 'Ein sicherer Hafen' und 'Havens Untergang' schließen sich gegenseitig aus. Die Missionen sind optional.
In dieser Missionsreihe wird Raynor von Matt Horner allerlei Aufträge erhalten, die darauf abzielen, das Imperium Mengsks zu schwächen. Die Missionen sind optional.
Raynor wird auf den mysteriösen Gabriel Tosh treffen, welcher Raynor auf dubiose Missionen aufmerksam macht. Die Missionen 'Ein Ghost für alle Fälle' und 'Ausbruch' schließen einander aus. Die Missionen sind optional.
Tychus Findlay wird Raynor auf uralte Artefakte der Xel'Naga aufmerksam machen. Im Auftrag der Moebius-Foundation wird Raynor viele Artefaktbruchstücke sammeln. Diese Missionen sind obligatorisch.
Nachdem man die Mission 'Völlig verbohrt' beendet hat, kann man im Labor mittels Gedankenkristall neue Missionen starten. Die Missionen sind optional.
Nachdem man 'Schlund der Leere' beendet hat, kann man zum entgültigen Angriff auf Char übergehen, um mithilfe des Artefaktes Kerrigans Zerginfektion zu heilen. Die Missionen sind obligatorisch.
