In Heart of the Swarm übernimmt der Spieler die Kontrolle über Sarah Kerrigan, die ehemalige Königin der Klingen. Die Handlung schließt unmittelbar an das Ende von Wings of Liberty an und führt Kerrigan über mehrere Planeten, wobei sie mit jeder Mission ihre Kontrolle über den Schwarm zurückgewinnt.
Der Leviathan
Auf dem riesigen Zerg, mit dem der Schwarm die großen Reisen durch die Leere antritt, kann Kerrigan sowohl neue Missionen starten, Dialoge mit den Mitreisenden führen, die Zergtruppen mittels Mutation oder Evolution entwickeln und auch die Fähigkeiten Kerrigans entwickeln.
